Histoire : Le petit Sôsuke, cinq ans, habite une maison construite au sommet d'une falaise qui surplombe la mer. Un matin, alors qu'il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson piégée dans un pot en verre, qu'il baptise Ponyo. Sôsuke la sauve et décide de la garder avec lui dans un seau. Ponyo est aussi fascinée par Sôsuke que ce dernier l'est par elle.