À Konoha, village du pays du feu, vit Naruto. C'est un garçon orphelin peu ordinaire, suivant des cours pour devenir ninja. Son ambition: devenir Hokage de son village, c'est-à-dire le chef et le ninja le plus puissant. Étant le cancre de sa classe, cette ambition lui vaut bien des railleries. En plus, une grande partie de la population le rejette car dans son corps est emprisonné un monstre extrêmement puissant qui a tué de nombreux habitants du village dans le passé. Sans famille, sans vraiment d'amis et rejeté par les villageois, Naruto n'a pas une vie des plus facile. Pourtant, loin de se renfermer sur lui même, il est très sociable et turbulant et n'aspire qu'à être reconnu de tous. Ainsi commence véritablement l'histoire de Naruto. Rapidement Naruto devient Aspirant Ninja (genin) ainsi que 11 de ses camarades de classe. Les 12 genin vont devenir les personnages centraux de l'histoire. Divisés en 4 groupes de 3, ils sont dirigés par quatre Ninja de classe supérieur (jounin) et travaillent comme ninja au service de leur village, effectuant diverses missions.