Histoire : L'histoire se déroule en 1995. Okajima Rokuro est un employé de la société Asahi Industries ; envoyée sur les Mers d'Asie du Sud-Est, dans le but de livrer un Mini-Cd contentant les plans d'une ogive nucléaire et d'autres plans secrets. Mais, en voyage sur le cargo dont il est membre d'équipage, ce dernier est accosté et pris en otage par le bateau pirate : "Le Black Lagoon", torpilleur de petite taille (un PTBoat) avec à son bord "Dutch", noir américain, "Levi", une Chinoise et enfin "Benny", un électricien.
Rock est donc kidnappé et son mini-disque confisqué par les mercenaires. Arrivé à destination du Black Lagoon (pour rendre le cd en contrepartie d'une paie), Okajima remarque qu'il a été trahi par sa propre société et décide de démissionner sur le champ. Il réjoint tant bien que mal le Black Lagoon et se fraye une place au sein de cette équipe bien étrange.