Histoire : Trois ans plus tard, les digisauveurs ayant repris une vie normale, le monde digital est calme et paisible. Cependant, une nouvelle force maléfique apparaît sous la forme de l'Empereur des Digimon. Celui-ci asservit les Digimon en tant qu'esclaves grâce aux Tours Noires et aux Anneaux Maléfiques, contrôlant ainsi leurs mouvements et les empêchant de se digivolver. Cinq nouveaux digi-oeufs sont désormais destinés aux nouveaux digisauveurs (Davis Motomiya, Yolei Inoue et Cody Hida), parmi lesquels T.K. et Kari, deux anciens digisauveurs. Les digivolutions sont variées et beaucoup plus puissantes contrairement à la première saison. Au fil des aventures, ils battront l'Empereur des Digimon, aussi mieux connu sous le nom de Ken Ichijouji dans le monde réel (étant plus ou moins le rival de Davis), grâce au sacrifice de Wormmon, son partenaire Digimon. Peu après ce revirement, deux nouvelles forces maléfiques composées d'anciennes Tours Noires apparaissent et sèment le trouble dans le monde digital. Pour se faire pardonner du mal qu'il a causé, Ken rejoint les digisauveurs et combat à leur côté avec son partenaire Wormmon. Ils sauvent ensuite tous les pays, incluant la France et l'Australie, du chaos causé par MaloMyotismon, la forme digivolvée de Myotismon (celui qui a été battu dans la première saison).

Contrairement à la première saison d'Adventure, les sauveurs font des allers-retours à maintes reprises dans chaque épisode tandis que les sauveurs de la première saison restent dans le digimonde. Cette saison s'est terminée grâce à l'aide de tous les digisauveurs à travers le monde, mettant à profit la lumière émanant de chacun d'entre eux et souhaitant revenir dans un nouveau digimonde où règne la paix. Oikawa, trop faible pour retourner dans le monde digital, en devient alors le protecteur une fois décédé. La paix de nouveau instaurée, les sauveurs du monde entier reçoivent officiellement leur propre compagnon Digimon.