Kimihiro Watanuki, lycéen, a depuis toujours la capacité de voir les esprits. Constamment piétiné, bousculé et harcelé par des ectoplasmes qu'il semble attirer, il souhaite plus que tout se débarrasser de ce don gênant. Un jour, alors qu'il est poursuivi par un esprit, Kimihiro entre par mégarde dans une étrange maison, coincée entre deux immeubles. C'est dans cette singulière boutique qu'il rencontre Yûko Ichihara, sorcière qui se révèle être en mesure de le libérer de ce don qu'il déteste tant. Cependant chez Yûko tout a un prix, elle n'exauce les voeux de ses clients que s'ils lui versent un paiement d'une valeur équivalente. Kimihiro devra aider la mystérieuse voyante dans son « commerce de voeux », jusqu'à ce que la somme de son travail atteigne une valeur équivalente à son souhait. À travers ce petit boulot, censé à l'origine ne consister qu'en une aide ménagère, il rencontrera nombre de personnes et d'esprits qu'il verra évoluer selon la politique de vente un peu particulière de Yûko.