Histoire : Brain Powerd se déroule dans un monde post-apocalyptique où quasiment toute la Terre est affectée par de nombreux tremblements de terre et inondations, forçant l'humanité à vivre au milieu du chaos et de la destruction. Au fond de l'océan Pacifique on trouve des ruines appelées Orphan qui essaient de percer la surface de l'eau et quitter la planète en obtenant de l'énergie organique, pour laquelle elle doit détruire tous les êtres vivants sur Terre. Ses agents, appelés "reclaimers" pilotent des anticorps appelés Grand Chers et essaient de trouver des plaques situées sous la surface de la Terre.