Alita, princesse du royaume de Forland, se voit contrainte de quitter son château pour trouver de l'aide suite à un coup d'état organisé par le docteur Akamashi qui veut prendre le trône. Pendant que les siens se font massacrer, elle se fait escorter jusqu'à la forêt mais les hommes l'accompagnant se font rapidement tuer par des monstres. Poursuivie a son tour, Alita tombe sur Pharis, une chasseuse de prime et l'entraîne dans sa chute du haut d'une falaise. Leurs âmes vont être échangées durant la descente...