Histoire : Minato Sahashi a raté l'examen d'entrée à l'université de Shintou deux fois. Toujours célibataire, il est même au chômage. C'est la crise ! Il comprends que sa situation plus que déprimante devient critique : il ne peut plus compter sur l'aide de sa mère, ni sur celle de sa petite soeur pour continuer à vivre ainsi. C'est alors qu'il va faire la rencontre de la sympathique Musubi et comprends qu'il fait en réalité partie du projet Sekirei, lancé par le PDG de la MBI : Minaka Hiroto. La MBI, le plus grand conglomérat mondial va faire de Teito la nouvelle capitale du Japon de même que son siège social dans le plus grand building de la ville.
Projet Sekirei. Les 108 Sekirei lancés dans la ville, sont dotés de pouvoirs extraordinaires et doivent se battre jusqu'à la mort pour protéger, l'ashikabi qui leur est promis !