C'est en recevant cet e-mail mystérieux de YOMODA Chisa, une fille de sa classe qui s'est suicidée quelques jours auparavant, qu'Iwakura Lain commence son exploration du Net, à la recherche d'une explication à ce message insensé. Peu à peu, Lain découvre des choses sur le monde ainsi que sur elle-même ; révélations qui la déstabilisent et qui remettent en question sa propre existence. Elle est mise nez à nez avec sa double personnalité : l'écolière studieuse et discrète, et le hacker du « Wired » voyeur et mesquin.