Histoire : Teito Klein est un adolescent qui se prépare à passer son examen d'entrée à l'armée avec son meilleur ami Mikage. Teito n'a conservé aucun souvenir de son enfance. Mais, lors de l'examen, la vue de l'examinateur Ayanami déclenche en lui une vague de souvenirs. Teito voit Ayanami tuer son père. Ivre de rage, il se lance sur le militaire, qui l'arrête bien facilement et le fait emprisonner. Avec l'aide de Mikage, Teito fuit les cachots. Il n'est maintenant plus question pour lui de rester à l'académie militaire. Il vole un vaisseau et s'enfuit, pour s'écraser devant trois prêtres. Ceux-ci le conduisent dans une église. Tout en s'y reposant, Teito cherche à découvrir la vérité sur son passé et sur les Seven Ghost, protecteurs de cet endroit.