Effectivement comme le précise Snakiller , repartir de Osaka serait plutôt judicieux ( J ai fait le contraire arrivée a Osaka et retour par Tokyo-Narita ) . Pour ce qui concerne le mont Fuji , je te conseillerais également Gotemba et Shizuoka , ou la vue est aussi très belle sur le mont sacré . Si tu ne reste que deux semaines , cela va faire un peu court mais sache que la région des 5 lacs (five lakes area ) est aussi somptueuse et a proximité du mont fuji .
Pour le Kansai ,vu que tu as projet de rester deux semaines et que tu voyage en famille , je te conseille le train ( a défaut de Shinkansen , les trains normaux sont moins chers , mais moins rapides ) .
Pour Kyoto : voici ce que j ai pu faire en une seule journée je suis resté 10 jours , mais la , il va falloir trier , Le kunkaku-ji temple ( l immanquable temple d'or ) Le jardin zen qui est situé juste a coté est vraiment sympa , et pour les plus courageux , les 1000 shrines ( 1000 toris , vraiment a faire , surtout en fin de journée avec la lumière rasante )Un détour par le superbe quartier de Gion est également conseillé , car très traditionnel et quasi immaculé de propreté .
Pour Nara : c'est un immanquable du Japon , rien que pour voir les biches ( des centaines ) en liberté , devant le Todaiji temple , qui laisse bouché bée : a faire ABSOLUMENT !
Pour Hiroshima / Miyajima : l accès a l ile est assez simple , et même si j y ai campé trois jour , une journée peut suffire , a condition de se lever tôt pour prendre les 1ers ferrys (10 min a peine de traversée , attention aux biches de miyajima qui n ont pas le même comportement qu a Nara (enfin ca , c'est du détail ) . Sur miyajima , je te conseille vivement une jolie ballade sur le mont Misen , un acces en ropeway est prévu , mais j ai préféré le faire a pied ,la ballade vaut le coup et la vue d'en haut est superbe , compter deux bonnes heures .
Hiroshima : Cette ville ne se résume pas au mémorial dôme et a la bombe , mais sache que le musée est vraiment bien , historiquement parlant , et l'entrée n'est vraiment pas très chère
Voila voila , si jamais vous ne souhaitez pas faire Kyoto - Hiroshima d'une traite , des villes plus petites comme Okoyama , Kurashiki et Onomichi valent le coup d’être visitées avec des spécialités culinaires spécifiques aux endroits ^^
En conclusion , quand on regarde la carte , on comprend que repartir d'Osaka est un bon choix , qui est beaucoup plus pratique ( et économique ) que retourner a Tokyo ; j'espere que ces petites idées pourront affiner ton itinéraire supposé , je te souhaite de bons préparatifs !