Histoire : Kamina Ayato, jeune lycéen à Tokyo, part comme tous les jours à l'école avec ses amis: Asahina et Mamoru. Suite à l'accident de leur métro, Ayato se rend compte que Tokyo est en guerre contre un envahisseur inconnu. Guidé par un chant, Ayato rencontre Reika, une fille de son âge. À la première croisée de leurs regards, Ayato semble la reconnaître.

Fuyant l'hostilité des combats, les deux jeunes gens arrivent dans un temple secret où se trouve un gigantesque oeuf. Tandis que les combats font rage et que deux Golems (des créatures faites d'argile) viennent en renfort pour défendre la ville, Reika reprend son chant. Ayato semble emporté par celui-ci, l'oeuf découvert éclot et dévoile le RahXephon, un humanoïde gigantesque, qui met un terme aux combats de façon expéditive.

Le lendemain, Ayato est troublé par les événements de la veille. Il se souvient de quelques images: le RahXephon, les Golems, un combat... Mais rien n'est encore clair dans son esprit. Justement, Haruka, une étrange inconnue, va proposer à Ayato de tout lui expliquer...