Histoire : Etats-Unis, 1954. Albert Einstein vit ses dernières années dans un hôpital spécialisé. Tous les jours, il pleure les morts d'Hiroshima-Nagasaki, qu'il a malgré lui causés en trouvant la formule de la bombe atomique. C'est alors qu'il rencontre deux jeunes garçons, Hikaru et Haruhi. Les deux enfants lui apprennent qu'ils ont le pouvoir de faire des rêves prémonitoires et qu'ils ont vus, dans un de leurs rêves, une des genbaku détruire la ville d'Hiroshima. Ils ont vus que l'explosion n'avait pas seulement causé énormément de victimes, mais avait aussi brûlé Yggdrasill, l'Arbre légendaire qui soutient la Terre. Hikaru et Haruhi ont appris qu'une déesse du futur, Skuld, maîtresse du "Global Garden" a le pouvoir de faire renaître Yggdrasill. Einstein donne alors des pilules de jeunesse, qui lui étaient précédemment destinées, aux deux jeunes garçons, pour qu'ils puissent, à sa place, retrouver la déesse dans le futur et lui demander d'exaucer le dernier souhait d'Einstein.

Tokyo, 2005. Hikaru a maintenant 60 ans, mais toujours l'apparence d'un jeune homme d'une vingtaine d'années. Grâce à ses dons, il parvient à retrouver la déesse Skuld, mais sous une forme assez inattendue. Haruhi quant à lui, réside à New-York, car le destin a voulu que les deux amis d'enfance soient désormais ennemis.

Tout au long de la série, des événements complexes du passé, du présent et du futur viennent s'ajouter à la trame initiale, ce qui aura pour effet de compliquer un peu le déroulement de l'histoire, mais si l'on s'accroche bien il n'y a aucune peine à suivre le fil directeur. Les éléments historiques insérés dans la fiction qu'est Global Garden donnent un effet encore plus émouvant à la série et rendent très sensible au drame d'Hiroshima-Nagasaki qui fit tant de victimes civiles. On sent une réelle réflexion derrière ce manga, par exemple le choix de l'année de déroulement (2005), soixantième anniversaire des événements d'Hiroshima, et soixantième anniversaire d'Hikaru. De plus, les points mythologiques sont tirés des croyances nord-germaniques (mythologie vraiment passionnante) : Yggdrasill, l'Arbre vital, les trois déesses, Verdandi, Urd, et Skuld, etc.
Les thèmes directeurs de l'oeuvre sont : la réincarnation, un thème cher à Saki Hiwatari (on pourra retrouver Einstein réincarné par exemple), l'attachement sous différentes formes : amical, maternel, amoureux, ainsi que les problèmes de personnalité liés à l'adolescence, tout ça sur un fond historique particulièrement recherché, et un drame touchant à l'extrême.