Histoire : En 2977, la Terre a vu ses ressources naturelles s'épuiser. Les hommes, paresseux et corrompus, se contentent d'exploiter les ressources de satellites avoisinants sans se douter que, dans l'ombre, les terribles Sylvidres menacent d'envahir leur planète.

Venues du fond de l'univers, elles ont créés l'humanité et désirent maintenant, après la destruction de leur monde natal, en reprendre le contrôle. Un homme, le Capitaine Harlock, moqué et banni par les autres humains, se dresse sur leur chemin.

Il est aidé dans sa tâche par les membres de son équipage, parmi lesquels Kei Yuki, Yattaran et le jeune Tadashi Daiba, fils d'un savant assassiné par les Sylvidres. Mais surtout son vaisseau, le formidable Arcadia, conçu par son ami décédé, Alfred.